Depuis le début des années 1990, Jean-François Joly inscrit le portrait au cœur de ses préoccupations de photographie documentaire, aussi bien pour ses projets personnels que lors de résidences artistiques ou de commandes institutionnelles. Il privilégie le moyen et grand format dans sa pratique de photographie documentaire afin de créer une relation singulière avec la personne photographiée. Jean-François mène le plus souvent des projets à long terme tels que « Naufragés » sur des personnes vivant en marge de leur société dans diverses capitales pour lequel il a reçu en 2000 le Prix Alpa de la ville de Vevey, « Terres d’exil, l’Europe rom » sur la place des Roms dans la construction européenne pour lequel lui a été décerné en 1997 la bourse Mosaïque du Centre National de l’Audiovisuel du Grand Duché du Luxembourg.